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Dans un premier temps, le film pose une série d'énigmes: pourquoi un camionneur, en parfaite santé apparemment, a-t-il perdu le contrôle de son véhicule après avoir été comm aveuglé? Pourquoi une secrétaire particulièrement comptétente a-t-elle commis tant de bévues en peu de temp, qu'elle a été licenciée? Et pourquoi, alors qu'il est lui-même en parfaite santé, un jeune garçon doit-il marcher avec des béquilles parce que ses jambes refusent de le porter?
Puis on suit le quotidien du Dr Eijkmann (Stephen McNally), un chercheur confronté à une épidémie de béribéri sur l'île de Java. Après quelques temps, il finit par découvrir que le riz blanc utilisé dans l'alimentation est ce qui a causé la maladie...
L'alphabet "magique" dont parle le titre est tout simplement l'appellation des vitamines, ces éléments précisément découverts par Eijkmann à Java, et qui manquaient aux protagonistes des trois exemples cités plus haut... Ou comment donner un angle d'attaque particulièrement alléchant pour un petit film documentaire sur les vitamines!